ويعمل على جلب موارد إضافية لدعم الأنشطة البرامجية لقطاعات ومراكز وإدارات المنظمة الأخرى. كما يسهم القطاع في تقديم المنظمة وتسويقها للعالم الخارجي وتعزيز الصورة الإيجابية عن العالم الإسلامي.

وعلى صعيد آخر، يشرف القطاع على تدبير ملف إتفاقيات وبروتوكولات التعاون مع الشركاء الخارجيين، ومتابعة دورة نضج الإتفاقيات وكافة صيغ التعاون الأخرى، بدءاً من التواصل مع الشركاء والتفاوض على مضمون مسودات التعاون بالتنسيق مع قطاعات المنظمة المعنية، وإنتهاء بمرحلة التوقيع النهائي بالتنسيق مع إدارة الشئون القانونية والمعاير الدولية ، كما يقوم القطاع برصد وتحليل وتقييم الجدوى والمردودية لتلك الإتفاقيات، فضلا عن تقديم التوصيات للإدارة العامة فيما يتصل بأولويات الشراكات الخارجية وجدواها، وأبعادها الدبلوماسية، وأطراف الشراكة والمانحين المستهدفين وسبل بناء جسور التواصل معهم.
ينشط قطاع الشراكات والتعاون الدولي كذلك في حث الدول غير الأعضاء خارج العالم الإسلامي على الإنضمام للمنظمة بوضعية مراقب في إطار السياسة الإنفاتاحية الجديدة للإيسيسكو، وذلك من خلال التواصل مع العديد من البعثات والهيئات الدبلوماسية.

وإيمانا بأن قضايا العالم الراهنة قد أصبحت أكثر تعقيداً وتشابكاً، وأن تحدياته الإجتماعية والإنسانية والبيئية لا تعرف الحدود كالهجرة، وتغير المناخ، والجوائح، يعمل القطاع على توجيه جهود شراكات المنظمة لتتكامل مع أهداف التنمية المستدامة للأمم المتحدة للعام 2030 ،خاصة الهدف رقم 17 المعني بالشراكات العالمية، وبرنامج عمل منظمة التعاون الإسلامي 2025، وأجندة الإتحاد الإفريقي 2063 ، وخطة عمل الإلكسو 2023 -2028 وغيرهم من الشركاء الإستراتيجيين. كما يهتم القطاع بتقديم الإيسيكو كبيت خبرة مرموق تتيح فيه المنظمة وتتشارك معارف ومهارات وأفضل تجارب خبرائها، خدمة لأهداف الشراكات الخارجية المبتغاة، فضلا عن تقديم المبادرات التي تسهم في بناء القدرات العاملين بالمنظمة في مجال تصميم وإدارة المشروعات.